朱允炆就两个儿子，全是原配所生。长子朱文奎出生后，太爷爷朱元璋说:"日月皆终，大凶之象。"所以很不待见这个重孙。朱允炆登基后，嫡长子朱文奎被立皇太子。建文四年，朱允炆被搞下台后，与其父朱允炆一起失踪，时年7岁。
次子朱文圭在靖难之役时，才2岁，朱允炆走的时候没有带上这个幼子，所以他被四爷爷朱棣长期幽禁于凤阳广安宫。直到他56岁的时候，才被放出来，当时的皇帝已经是明英宗朱祁镇了。按辈分，朱祁镇是朱文圭的侄子。明英宗曾经因为"土木堡之变"被俘，弟弟朱祁钰继位。之后朱祁镇通过夺门之变复辟，对同样被幽禁的叔叔朱文圭动了恻隐之心，意欲释放。于是，不光把朱文圭放出，还给他修建房屋，娶妻生子，任其自由出入，并派人照顾生活起居。由于朱文圭自小便受到囚禁，被释放时连牛马都不认识，没过多久就死去。南明年间，朱文圭被追谥为润怀王。
朱允炆的父亲朱标早亡，留下了6个儿子，4个女儿。长子虞怀王朱雄英早夭；次子就是建文帝朱允炆；三子吴悼王朱允熥、衡愍王朱允熞被明成祖废为庶人并囚禁；五子徐简王朱允死于那场大火，六子早夭，无爵、无谥号。其中4、5、6子与朱允炆是一母同胞。
女儿江都郡主下嫁长兴侯耿炳文之子耿璿；宜伦郡主和南平郡主也没有受到株连，安然下嫁；还有一女没有过多记载。
自古帝王之家以"子"为尊，可是往往在政治博弈中丧命的，也是"子"。而那些女儿们，由于没有政治威胁，却往往能寿终正寝。
