直到洪武20年，也就是公元1387年，蓝玉得到了副将的身份，远征辽东地区，活捉了北元丞相纳哈出，这为最后的决战做好了准备。第二年，朱元璋任命蓝玉为北伐主将，将15万明军主力交给了蓝玉，命令他彻底铲除北元。
蓝玉果然不负众望。在漠北荒漠中不惜一切代价寻找北元，最后在捕鱼儿海畔发现了北元的踪迹。捕鱼儿海也就是现在的贝尔湖，这里是蒙古草原的最深处，北元认为，明军绝对不会追到这个地方，所以整天喝酒取乐。蓝玉一鼓作气，把北元一锅端，除了皇帝，太子和丞相外，明军几乎俘虏了北元的所有王公贵族，北元从此彻底从历史上消失。
这是蓝玉一生功勋的顶点，也是他的一生急转直下的转折点。
蓝玉强行占有了北元皇妃，迫使她自尽了断，在班师回朝时路过喜峰关，蓝玉竟然嫌守将开关速度太慢，率军直接破关闯入。这让朱元璋十分不满。朱元璋将本应封给蓝玉的梁国公改成了"凉国公"，但蓝玉似乎根本没有意识到朱元璋对他的警告。面临王朝权力交接的朱元璋为了铲除后患，不得不将蓝玉及其势力彻底铲除。蓝玉最后被剥皮实草，下场非常惨烈。
