半年之后，该厂开始实施承包制度，就这样牛根生跟着这个企业一起成长。到了1992年，牛根生已经是该厂的生产经营副总裁了。
1993年，呼和浩特回民奶食品加工厂开始改制，其由21家发起人发起收其他法人和内部职工入股，以定向募集方式设立伊利集团，并在1993年6月更名为“内蒙古伊利实业股份有限公司”。
1996年，伊利集团成功上市。作为全国乳制品行业的第一家上市公司，牛根生也一路水涨船高成为了行业名人。
如果按照正常发展，大概率牛根生会在伊利干到退休。
1998年，主管经营的牛根生跟当时的总裁郑俊怀在经营方面产生了分歧，最后连买一把扫把都要打审批的牛根生产生了深深的无力感。
由于财务权限被冻结，其相关业务很难开展，于是牛根生前后三次请辞，最后一次，他当着郑俊怀的面提交了辞呈，并且说道：“郑大哥，你想当我离开，我现在就可以辞职”。
当时郑俊怀的回答是：“我并没这样的意思”。
可是当牛根生想拿回辞呈时，郑俊怀却一手按住了辞呈，让牛根生先行回避。等牛根生走后，郑俊怀流着泪向身边的人说道：“伊利有他没我，有我没他”。
就这样，四十岁的牛根离开了这家与他一起成长起来的企业，但此时已经不再是少年时期的一无所有了。
于是，他想换一种活法——去北大进修。从北大进修结束后，他想清楚了后来的路。1999年1月，牛根生以100万注册资本为起点创立了蒙牛。四年时间，蒙牛就因为牛根生大胆的进攻策略成为了“中国驰名商标”。2004年，蒙牛在香港上市。
2008年，一场席卷行业的“三聚氰胺”事件将蒙牛以及其他乳制品企业打到了谷底，面对市场的质疑与不信任，让牛根生举步维艰。一年以后中粮集团与厚朴基金以61亿港元对价收购蒙牛公司20%的股权。
2011年，牛根生辞去了董事会主席一职，中粮集团的宁高宁接替了他成为蒙牛的董事长。后来，辞职之后的牛根生开始全力做慈善，并且将自己全部的股份捐赠给了“老牛基金会”。也因为不断地“退”，牛根生的名字开始淡出中国商业的舞台。
时至今日，蒙牛同牛根生之间已经完全剥离。尽管他已经彻底退出蒙牛，但作为蒙牛的符号，牛根生却是永不褪色的。
