总督和巡抚都是二品官，但是总督是正二品，而巡抚则是从二品。这是一般情况下，有时候再兼任一些其他职位，品级就不一定了。但是作为一个官职，总督就相当于高级职称，而巡抚就是副高级职称。所以两者的品级是不一样的。
总督和巡抚管辖的区域虽然有重叠之处，但一般巡抚是卑于总督的，照理就得听总督的。巡抚这种官职由来已久，早在南北朝时期就已经存在了。而总督则是明朝的时候才开始出现。
一般来说，总督管辖的区域是大于巡抚的。巡抚只是负责一省的军政，是一省的最高军政长官。而总督则是负责若干个省，当然也有只负责一个省的军政的，如四川总督。不过除了管理省区的总督，还有专门管理某项事物的总督，如河道总督、漕运总督等。
乾隆之后，清朝在行政区划上，设立了九个总督管理区，分别是?直隶总督两江总督、闽浙总督、湖广总督、两广总督、陕甘总督、四川总督、云贵总督、东三省总督。总督的设立，实际上是封建王朝中央集权加强的一种表现。
