不说远的，就在刘裕清除司马氏宗室的过程中，就有不少人在活动着，秘密的招兵买马，以兴复晋朝为口号，给刘裕带来了不少的麻烦，这也是就为什么刘裕非要将司马懿的后人彻底清除的一大原因。
除此之外，刘裕打击的高门士族并不限于司马氏，而是针对所有的豪门强宗。在东晋门阀士族的格局下，很多地方性的豪强大肆的占据田地，欺压百姓。这样的情形之下，必然会导致百姓的生活越加贫困，国家越加的衰弱。而刘裕登基之后，所做的第一件事就是大力打压这些为害百姓的豪强绅族，维护普通百姓的利益。
像京口刁氏原本是当时社会地位颇高的士族，财力雄厚，声望很高，但是刘裕为了笼络人心诛灭了刁氏一族。刁氏被诛灭后，刘裕下令散尽其家财给百姓，当时得到了底层社会极大的支持。这也正达成了刘裕收服人心，稳定统治的目的。
所以说，刘裕之所以要清除司马宗族和高门士族，就是因为他当时的政权不稳，而门阀士族盘根错节，实力雄厚，最他的统治存在极大的威胁。因此，为了强化统治，必须要将他们进行大力的打压，从而实现巩固新生寒门的政权。
