首先，清军与太平军信仰不同。《论语·卫灵公》曰："道不同，不相为谋。"如果两个人之间的信念不同，那么他们很难成为朋友，但不是没有机会。如果两个人的信念彼此矛盾，那么他们一定不会成为朋友。清朝和太平天国就是如此。
太平天国信奉"拜上帝教"，而拜上帝教是从基督教的基础衍生过来的信仰组织。在当时的中国，显然是外来的东西。而清朝官员大多饱含诗书，接受了正统的儒家经义洗礼，以及在"天朝上国"观念的影响下，自然也就看不起太平军接收外来的信仰了。其中更重要的原因就是，天王洪秀全所到之处，时常擅杀知识分子，烧毁儒家经义。这在读书人眼中那就是侮辱至圣先师，清朝将领恨不得生啖其肉，又怎么会反过来投降呢。
▲太平天国绘画
其次，清军看不起太平天国。太平天国本质上还是一场农民起义运动，他们大多数人都是农民，如东王杨秀清，西王萧朝贵就是普通农民出身，另外天王洪秀全，翼王石达开，南王冯云山，北王韦昌辉这几个太平天国高级领导们，虽说都读过经史子集，家中有些钱财，但和真正的世族们对比就显得十分不入流。况且他们一直认为太平天国就是一时兴起，总会被朝廷消灭，如今投降了到时候清算自己，还是免不了一死，还不如死得有节气一些。
