除了建造施工面临诸多技术难题外，台湾自制潜艇的后续麻烦还多着呢。《中国时报》称，台湾军方此前表示"已经获得包括'战斗系统整合''数字声呐系统''辅助装备系统（潜望镜）'等全数'红区装备'输出许可"，这意味着该潜艇的主要作战系统均需要进口，它们能否进行系统整合还是问题。
报道称，台湾自制潜艇的战斗系统将使用美国雷神公司提供的CCS MK-2和AN/BSY-1的组合，主要装备于改良型"洛杉矶"级攻击核潜艇与"俄亥俄"级战略核潜艇。而美国"海狼"级装备了第二代AN/BSY-2和CCS MK-2战斗系统，"弗吉尼亚"级潜艇则使用更先进的第三代AN/BSY-3与CCS MK-3的组合。此外，报道还认为，虽然美海军正在退役"洛杉矶"级和"俄亥俄"级潜艇，但仍不太可能把现役装备卖给台湾，因此提供给台湾的这套潜艇作战系统不但比美军主力装备落后两代，而且"势必要阉割某些功能"。
另外，台湾自制潜艇采用的是台湾"中钢"研制的HSLA-80特种钢材，理论上的屈服强度为420-520兆帕。问题是，即便是数十年前的西方主力潜艇、包括台湾从荷兰引进的"旗鱼"级常规潜艇，它们普遍采用的是HY80高强度合金钢，屈服强度已经达到550兆帕。当今世界主流潜艇的耐压壳采用HY-100和HY-130级别的高强度合金钢，屈服强度已达到700-900兆帕甚至更高。而HSLA系列特种钢材，其实主要用于水面舰艇的船体结构，而非需要承受极大压力的潜艇耐压壳。何况台湾使用的HSLA-80算是该系列中最低档次，按照《中国时报》的说法，"'潜舰国造'的设计潜深只有区区200米，如果采用低标的420Mpa计算，潜深更不足200米，若战场在台湾东海岸深度变化极大的海域，台湾海军怎么和解放军潜艇一决雌雄？"
老司机查了一下，台军号称要派潜艇蹲点盯防解放军潜艇的巴士海峡，水深通常在2400-2600米--一旦出现"掉深"等水下意外，下潜极限深度过小的台湾潜艇恐怕连紧急应对的时间都没有，就会被巨大的压力挤碎。
难怪岛内媒体急问，"中钢在2014年的产品手册里面就包括了HSLA-80钢材，它是成熟产品，绝非重新研发。我们不禁要问，为何不研发更先进的HSLA-115或130钢材以保障官兵安全与战力？"
想到这里，蔡英文和烂事一大堆的"潜舰国造"项目拉开距离，也就可以理解了。
