二、明朝打击的对象不乏有沿海百姓
其实这些走私团伙、海盗团伙，并不是只有日本人，他们主要组成人员仍然是沿海地区的地方势力或流亡海外的华人。比如：郑成功的父亲郑芝龙就是藏在日本江户的一个海霸，他拥有自己的武装力量、商业船队。而他们的上游供应链都是沿海参与走私的老百姓。嘉靖年间，由于福建、浙江沿海倭寇猖獗，与闽浙地方势力素无瓜葛的朱纨临危受命，前去整顿海防。但他调查完发现，"倭寇"除了极少数雇佣的日本浪人当保镖之外，其实并非明朝初年那样的日本海盗。除极少数被雇来武装押运的日本浪人外，绝大多数都是闽浙沿海靠海外贸易求生的大明子民。到了明朝后期，走私贸易蓬勃发展，几乎家家户户都涉足。朱纨是个铁腕人物，为了不负皇恩，他凭借临行时嘉靖皇帝的授权，未等审判就把96名参与走私的民间百姓枭首示众。
三、禁海政策切断了沿海许多百姓的合法生存之道，严打走私等于又砸了部分百姓的饭碗。
原本明朝海禁的政策是明朝初年为了打击逃亡海外的敌对势力，同时日本又处于南北朝的分裂时期，社会很乱，经常骚扰明朝沿海地区，干脆明政府就下令实行海禁。不过，沿海很多居民从宋朝时期已经兴起的海上贸易是他们赖以生存的方式，海禁也没有能彻底改变他们靠海吃海的习惯。于是，民间的走私活动非常猖獗，但走私活动直接带来的就是黑恶势力的出现，东南沿海的地方势力、商人、官府都参与过走私活动，以至于官官相护、官商勾结，严重扰乱了社会秩序。偏偏许多普通老百姓本身就是走私利益链的一部分，如果没有新兴产业替代，这些老百姓就出现生存危机了。也难怪他们对打击倭寇的行动深恶痛绝。
一旦坏事儿不是个人干的，而是一个集体干的，那么这个问题就不单单是个刑事问题，而是个社会问题了。正如广东陆丰的制毒第一村一样，当地参与的老百姓都可以成为禁毒工作的阻碍。明朝打击倭寇打的是整条利益链，打的是已经走上邪道的畸形社会。
