1993年，考古专家在馒头山工地清理出一个元代夯筑遗迹，应该就和这"镇南塔"有关。
不过，这座塔仍然成为元末明初，以及此后数百年江南汉族文人笔下元朝统治者镇压南宋、欺凌汉族的邪恶象征。
"悉掘徽宗以下诸陵，攫取金宝，裒帝后遗骨，瘗于杭之故宫，筑浮屠其上，名曰镇南，以示厌胜，又截理宗颅骨为饮器。"--《明史》
南宋人民对其非常愤怒，但也无可奈何，有诗记到："一抔自筑珠丘土，双匣犹传竺国经。独有春风知此意，年年杜宇泣冬青。"，而且南宋人民还流传有一个传说，南宋皇室的遗骨被当地义士偷偷取走安葬了。
后来明朝顾炎武对于一个番僧如此对待中原皇帝遗骸的方式非常痛恨，在《日知录》中他评价此事为：自古所无之大变。
