同时，俄罗斯还派人到喀什与阿古柏会面，承认他的政权，并签署了《俄阿条约》，赋予俄罗斯控制区内贸易的权利，关税为2.5％。
在获得大量先进军备后，阿古柏于1870年5月占领了吐鲁番。这样，除塔城和乌苏等少数数据点外被清军控制外，新疆大部分地区不受清政府控制了，阿古柏成为新疆的主人。
虽然左宗棠收复新疆战争持续时间只有一年左右，但其实他为此已经做了几年时间的战前准备。新疆不稳会导致其它地区都跟着混乱，此观点得到了慈禧的认同。一八七五年六月，慈禧任命左宗棠为钦差大臣督办新疆军务，出兵新疆，以对抗沙俄与英国的军队、夺回主权。左宗棠争取到了用兵新疆的权力，为显示其收回新疆的决心，他甚至让部下抬着棺材前进，以示决心，左宗棠收复新疆背景就此完结。
首先，第一个困难在于法院重新获得新疆的不同声音。但是，清朝统治阶级有两种态度。以李洪章为代表。主要原因是李洪章认为当时中国的主要敌人是日本。李洪章认为，不是沙皇俄国和中亚国家，而是当时有限的军费开支，应被用于海防，以全方位建设海军，以抗日。新疆这一地区生活的人不多，天气恶劣。它对国家是否有重大影响。对于这个几乎毫无用处的地方，战争耗费了金钱，许多人将丧生。它毫无意义，不符合当时的国情，国力无法跟上。另外，对手也很强大。敌人以俄罗斯和英国为后盾，武器先进。赢得他的机会不大。此外，交通不便，道路很难通行，因此根本不应该打这场仗。然而，左宗棠决心派遣军队恢复新疆。清朝统治者决定让左宗棠率领军队收复新疆，这是最重要的支持。
左宗棠收复新疆和胡雪岩的功劳，众所周知，胡雪岩是“红顶商人”，他非常有钱，家庭就是官方背景。实际上，胡雪岩已经与左宗棠合作。可以说，胡雪岩是左宗堂的钱袋子！
