显然，这一时期李善长的权力比他做过的左丞相更大。
洪武十三年正月初二，御史中丞涂节告发左丞相胡惟庸、御史大夫陈宁等人谋反。其中还提到胡惟庸与李善长等人勾结，"贪贿弄权，无所畏忌"。
按照涂节的指控，胡惟庸曾让自己的亲家、李善长的弟弟李存义去劝说李善长一起谋反，许诺事成之后，封他为淮西王。李善长不敢答应，胡惟庸亲自登门，李善长把他迎进去，"惟庸西面坐，善长东面坐，屏左右，款语良久，人不得闻，但遥见颔首而已，惟庸欣然就辞。"
在胡惟庸的罪状当中，与李善长有关的这一部分，语焉不详，猜测和捕风捉影的成分很大。
结果胡惟庸、陈宁等人包括举报他们的涂节都被处死。有大臣又请求处死李善长、陆仲亨等人，朱元璋说："此皆吾初起时腹心股肱，吾不忍罪之，其勿问！"
