2014年下半年，王建军被证监会确定为九名后备干部之一。次年，他调任证监会办公厅主任、党委办公室主任。
2016年4月，王建军迎来职业生涯转折点，南下赴深，出任深交所党委副书记、总经理。
当时，上交所"沪港通"已开通一年有余，深交所的"深港通"等多项革新正在启动中。深交所如何在与上交所和新三板的竞争中占据主动，进一步实现差异化发展，这个重担落在了王建军身上。
2016年12月，深交所启动"深港通"，开启了内地与香港市场全面互联互通的新时代。
在王建军的推动下，深交所坚持对外开放并不断扩大开放，已与全球52家交易所、市场机构签订谅解备忘录，持续加强跨境合作，先后实施深港通、深港ETF互通、深日ETF互通，积极吸引更多国际机构投资者参与深交所市场。
2020年2月，王建军升任深交所党委书记，一个月后兼任深交所理事长，成为副部级官员。王建军拥有丰富的证券二级市场监管经验。而在其任期内，深交所通过监管制度创新，推动增量与存量改革齐头并进。
在他掌舵期间，深交所不断推进科技监管，提升一线监管能力，并推动并购重组市场化改革落地、助力松绑创业板借壳和再融资、推出深市首个衍生品沪深300ETF期权、实施深市主板与中小板合并等。
深交所多层次资本市场也持续发展，直接融资快速增长，进一步支持"三创""四新"，服务实体经济发展能力进一步增强，深交所股票融资额、市场活跃度、新增上市公司数量等指标稳居世界前列，成为全球最具活力的高成长新兴市场。
截至10月25日，深交所上市公司数量达2522家，上市证券数13081只，股票总市值达37.39万亿元。
