公元1377年，朱允炆于应天府出生，1392年太子朱标病逝，朱元璋立朱允炆为皇太孙，1398年，年仅21岁的朱允炆继位，改元建文。这位年轻的皇帝性格较腼腆，而且又缺乏治国经验，才能远远不及朱元璋，甚至比不上那些雄才大略的叔伯们。建文帝性格内向，没有那种缺乏自信与强势，更缺乏铁腕手段。但建文帝崇尚儒家教育，主张仁政治国。在位期间大力主张增强文官的地位与在国政中发挥的作用，宽刑省狱，严惩宦官，另一方面又主张改革朱元璋的一些弊政 ，史学家将这一时期称为"建文新政"。
1398，建文帝开始着手削弱藩国的力量，极力打压各地藩王。五个实力雄厚的藩王被废除，燕王朱棣成了建文帝的下一个目标，而且燕王也是实力最为雄厚的一个，朝廷最难以解决的一个。因此，建文帝在打压燕王的方式上相当谨慎。1399年8月，燕王在封地起兵，打着"清君侧"的旗号起兵"靖难"，史称"靖难之役"。朝廷和燕王之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有十万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有全国的经济，并且已经废除了几个藩国。但燕王的领导能力、高素质的军队却非朱允炆可比。随着战争时间的延长，朝廷指挥不当、兵力孱弱、内部松懈的缺点严重影响了战局。直至节节败退，许多将领投降了燕王。
1402年 6月13日早上，燕王朱棣出动重兵攻到南京城外。建文帝被包围在城内。经过激烈慶战，燕军如潮水般地涌人城内，并将皇宫焚毁。燕王遂派人寻找建文帝遗骸。但只找到了皇后马氏的焦尸。燕王惟恐建文帝东山再起，一方面对内四处查找，另方面又派郑和、 胡寻找建文帝的踪迹。
