在左宗棠收复新疆之时，他所面对的对手，名为阿古柏。这个阿古柏被称之为"中亚屠夫"，他在沙俄以及英国的幕后支持下，成立了哲德沙尔汗国。于1865年到1877年间率军入侵了中国的新疆，史称为"阿古柏之乱"。
在朝廷的指派下，左宗棠所带领的西征军出征阿古柏。只在半个月不到的时间里，他们便收复了达坂城、吐鲁番以及托克逊，洞开了南疆的门户。而阿古柏在见到这种情况后，自知大势已去，于是便从喀喇沙尔一直逃到了库尔勒，于不久便因气急暴病而死。关于阿古柏的死因，也有多种说法。在《清史稿》中便说他是饮毒酒自杀的，除此之外也有人认为是被人毒死的。
然而，虽然阿古柏已经死了，但他的后人却是还在负隅顽抗。因此，西征军也没有停止步伐。于1877年的9月，西征军挟接连克3城的余威，安排部署收复南疆八城的战役，打算要一鼓作气摧毁其老巢，从而收复新疆全境。
但是，此时的朝廷内部却发难了。原来，在阿古柏的背后，还站着英国等势力。阿古柏之所以能够长期的侵占新疆，是离不开英国的支持的。
