然而李世民率军在行进途中，却突然得了疟疾病倒，无法有效处理军务，结果唐军在与薛举的交锋中大败亏输，八万人损失了五万多人，死去的唐军尸体堆积成山，多位唐将阵亡。此时唐朝立国未久，根基尚且未稳，军力也远远算不上充足，这一场大败让天下的人心开始浮动(（唐兵新破，将帅并擒，京师骚动）。
薛举一战而把唐朝给逼上了绝路，不过正在薛举想要"乘胜直取长安"的时候，却在出兵之前染上恶疾，没多久就病重去世，手下军心大乱。原本已经士气大乱的唐军又一次振奋起来，抓住这个机会灭掉了薛举手下的军队，唐朝的第一次亡国危机就此度过，后世的学者对此评论说："薛举之亡，岂非天佑大唐哉！"
