最终三人说服了檀道济，把宋少帝给废了，迎立刘义隆为新君，史称宋文帝。刘义隆之所以能当上皇帝，檀道济当据首功，为此他登基之后，就进封檀道济为武陵郡公，食邑四千户，比之前增加了一倍。宋文帝是个很有想法的人，他感觉四个顾命大臣实在是有点多了，而且他们手中的权力也太大了。于是在称帝一年后他就找了个借口把徐羡之和傅亮给杀了，又派檀道济领兵把另一个顾命大臣谢晦给灭了。这样一来，四个顾命大臣就只剩下檀道济一个人了。
宋文帝却没有对檀道济下手，反而对他好言抚慰。不久后，宋文帝派檀道济伐魏，大破魏军，解除了北魏对自己的威胁。伐魏胜利后，檀道济威望日隆，门生子弟遍布朝野，手下又都是能征善战之士。宋文帝认为不能再留檀道济了，于是他下急诏招檀道济进宫。这道诏书受到了檀道济妻子的怀疑，她对自己的丈夫说："震世功名，必遭人忌，古来如此。朝廷今无事相招，恐有大祸！"并劝檀道济以生病为由拒赴建康。但檀道济却认为宋文帝不会对自己下手，一是自己有拥立之功，二是自己并没有野心。于是他不顾妻子的劝阻，奉诏上路了，结果刚到建康就被宋文帝派人抓了起来，并以"谋反"和"养寇自重"的罪名处死。一代名将落得如此结局，实在令人唏嘘。
