到了明朝的时候，明太祖朱元璋对侯君集有一个评价，就是"侯君集有功于唐,犯法当诛,太宗欲宥之,而执法者不可,卒以见诛。"由此说来，朱元璋对唐太宗李世民杀死侯君集一事持赞同意见。不过在当时来说，侯君集的评价并不好。
唐朝时期，与侯君集同朝的人对他的评价都是"恃宠矜功，粗率无俭"，也就是说侯君集居功自傲。不过唐太宗李世民肯定不会因为侯君集的居功自傲而杀死他，侯君集之所以被杀，与当时的太子李承乾有很大的关系，因为侯君集参与了谋反。
侯君集在玄武门之变的时候，选择了鼎力支持李世民，不过，早在李世民还是秦王的时候，侯君集就忠心追随了李世民。那么玄武门之变的发生，让李世民对侯君集更加信任。侯君集对李世民是有很大功绩的，不仅仅是玄武门之变中有功绩。
