马格里毕业于爱丁堡大学医科，咸丰八年时作为第99联队军医中的一员进入了我国，马格里与当时的军官戈登有着良好的私人友谊，不过他看到李鸿章的淮军发展迅速，故而跟随了李鸿章。
而在1863年，太平天国的郜永宽有了异心，暗地里与李鸿章有所往来，同年12月，郜永宽献城投降，但李鸿章却做出了杀降的事情，轰动一时，戈登扬言李鸿章背信弃义，提着枪去找李鸿章讨要说法。
彼时马格里娶了郜永宽的女儿为妻，而李鸿章让郜永宽去劝说了戈登，杀降所带来的闹剧才告一段落。1865年李鸿章晋升为了代理两江总督，随后金陵机器制造局出现在了南京瓷塔山。
彼时马格里加入了中国籍，字清臣，以示对清廷的忠心，李鸿章对他格外宠信，让马格里总揽金陵制造局全局"督办"大权，地位还在"总办"刘佐禹之上，除了给一笔丰厚的薪水，还另外拨了2000两银子让马格里修建豪华私人别墅。
