元朝大都被朱元璋占领之后，元顺帝回到了蒙古草原。不过元顺帝去世没多久后，蒙古各部落开始分裂。其中瓦剌实力非常强大，经常攻打明朝，甚至还俘虏了明朝皇帝明英宗。不过在明朝和蒙古其他部落的打击下，瓦剌实力逐渐下降。之后瓦剌部落向西迁徙，而且不断的分裂，后来分成准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四部，也称为漠西卫拉特，也叫漠西蒙古。而和清朝对抗的准噶尔汗国就是准噶尔部建立的。
当时的漠西蒙古，管辖的范围非常大，北至额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游地区，南至天山，东到阿尔泰山和蒙古杭爱山分界线，西包巴尔喀什湖地区。不过后来由于满族人崛起，不断攻打蒙古部落，土尔扈特部就不断向西迁移。剩下的三个部落，准噶尔实力最为强大。而康熙年间的准噶尔叛乱就是在这时发生的。
其实漠西蒙古最初和清朝没有关系，不过在1636年的时候却有了关系。1636年和硕特首领兼卫拉特盟主固始汗遣使表示归顺后金，因为他是盟主，所以他归附清朝也代表卫拉特归附清朝，而后来噶尔丹对抗清朝是一种反叛了。当然，在清朝入主中原之后，暂时没有精力来管辖漠西蒙古，所以准噶尔部落实力不断增强。最后在1676年噶尔丹打败卫拉特盟主鄂齐尔图汗，把松散的联盟步步改变为垄断权力的汗国。可以说准噶尔在这时候就正式建国了。
