此后杨秀清的军事才能得到了最大发挥，也渐渐地掌握了太平天国的军政大权，而洪秀全只是作为精神领袖被放上了神坛，其实已经被杨秀清架空了。
杨秀清接管太平天国之后，带着太平军攻下江南、突破了清军的围困，赢得了将士们的崇拜，自恃功高的杨秀清狂妄自大、目中无人，处处打压众王，连洪秀全都不放在眼里了。
有一次韦昌辉的父亲上街时，"冲撞"了杨秀清，杨秀清就不依不饶，非要杖责韦昌辉的父亲，幸好韦昌辉及时赶到，求情不成只能选择替父亲受过，让杨秀清杖责自己；杨秀清与之素来不和，这次事件就是杨秀清故意找韦昌辉的不痛快，见此情形很痛快地下令将韦昌辉杖责一百，被杖责的韦昌辉不仅受了皮肉之苦，还丢了颜面，心里更加痛恨杨秀清，本就不和的两人这次算是撕破了脸。
杨秀清或出气、或立威，收拾众王是常有的事情，就连洪秀全也经常被他杖责，话说有一天，杨秀清让人把他抬到天王府，让洪秀全出门迎接，洪秀全也是毕恭毕敬的出门迎接了，结果杨秀清又故伎重施，和洪秀全说他的侍女对他"不敬"，洪秀全管教无方要杖责四十，当时很多人都为洪秀全求情，但是杨秀清以"天父"的名义，不允许众人求情，最后洪秀全还是被杖责了。
