公元617年，李渊晋阳起兵，李孝恭作为堂侄追随李渊，同年攻进长安。次年，李渊正式建立唐朝，李孝恭也在功臣之列，随后李渊开始派一众部下讨伐遍布全国的割据势力。公元619年，李孝恭率唐军讨伐割据南方的萧铣，这个萧铣拥兵数十万，割据南方大片土地。李孝恭经过三年的苦战，终于彻底平定了萧铣的势力。公元621年，李孝恭把萧铣押回长安处死，这是李孝恭为大唐立下的最卓越的功劳。
公元623年，李孝恭再率唐军讨伐南方的辅公祏，次年彻底消灭辅公祏的势力，至此大唐彻底平定南方的割据势力，李孝恭立下了不可磨灭的功劳。
由于李孝恭的显赫功劳，又是皇室宗亲，公元626年唐太宗继位后，封他为河间王，官职为礼部尚书，不过李孝恭对政治和官场不感兴趣，经唐太宗批准后隐退，每天以伴以琴棋书画自娱自乐。公元640年，李孝恭在家中去世，终年49岁，谥号"元"。公元643年，唐太宗设凌烟阁二十四功臣，李孝恭位列第二，仅次于长孙无忌，是二十四功臣中唯一的皇室宗亲。
