萧衍还曾襄助萧鸾，在493年的时候，齐武帝病重了。去世之后，皇太孙萧昭业继位当皇帝，但是他每天知道享乐，不理政务，也不听劝诫，掌权的重臣就和萧衍等人商议废掉萧昭业，商量计策之后。三个月之后萧鸾废掉了皇太孙，自己登基，萧鸾把萧衍提升为中部侍郎，后来升为了黄门侍郎，从此地位开始显赫。
在助萧鸾登基之后的第二年，又亲自率兵力退北魏，胜利之后被升为太子中庶子。在498年之时，雍州战败，萧鸾并没有责怪萧衍，还让萧衍成为了雍州刺史，这也正是成为了萧衍的根据地，日后的资本。
萧鸾在位没有几年就死了，这时候萧鸾的儿子上位。这位皇帝昏庸无道，暴虐至极，还杀死很多的大臣。最后萧衍联合南康王一起举兵，萧宝融在江陵继位，萧衍拥戴萧宝融，升任大司马。此时的萧衍也想成为皇帝，但是他没有急于求成，而是找了一个好机会，萧宝融吞金自尽，萧衍说萧宝融是暴病而死，按照当时的皇帝规格举行葬礼，萧衍成为皇帝。
