随着准噶尔汗国的再次崛起，始终成为了清王朝统治者的一块心病，强势的雍正帝即位后，遂决定彻底整顿一下西北的疆域。于是，他先在布彦图河边筑城，取名科布多，科布多这个名字由此而来。经过充分部署后，雍正终于发兵痛击准噶尔汗国，打得该国落花流水。
但清王朝的统治到了中后期，开始沦为帝国主义国家欺凌的对象，自从国门被打开，中国丧失了很多领土，科布多就包含其中，1864年，第二次鸦片战争后，沙俄乘火打劫，通过不平等的《中俄勘分西北界约记》 、《中俄科布多界约》 等条约割占了阿尔泰淖尔乌梁海和阿尔泰乌梁海西部的土地，科布多丧失大部领土。1907年，阿尔泰地区从科布多划出，成为另外的行政机构，1922年外蒙在苏俄的帮助下走向独立，又咬走科布多一大块土地。
