作为蒙古各部的大汗，康熙这个阿木古朗汗无论是出自对子民的责任还是清政府对于藩属的权威来说都必须和准噶尔死磕。所以为了避免两线作战，清政府首先和雅克萨击溃沙俄侵略者签订边界条约后集中国力于准噶尔进行决战。这场战争持续了三代帝王70余年，到乾隆时期才最终平定西北完成祖国统一。
过程是辛苦惨烈的，影视剧《雍正王朝》中为了筹集西北平叛的军费雍正甚至用抄家（贪污官吏）的形式补足军费。准噶尔的最终平定也让清朝直辖版图超出1300万平方公里。
边疆地区的民族政策让历代王朝的边疆羁縻政策改为直辖
为了让蒙古各部彻底归心，清政府采用了三大政策：一是分封以制其力；二是南不封王，北不断亲；三是"崇释以制其生。再加上盟旗等政策，满蒙两百余年互通姻亲，血脉不断。这使得边疆一改历代王朝对于羁縻政策实行直辖，客观上保证了大清王朝对于边疆地区有强力、有效的管理方式。
