唐太宗时吐谷浑与大唐之间有了矛盾，吐谷浑可汗出兵兰州、廓州（山西忻州），这是骚扰大唐的边境重镇，于是唐太宗派出兵马抵制。但是第一次派出的兵马犹豫不决，顿军迟留，只有李君羡破贼虏牛羊而还。吐谷浑这时候的内部形势也很不好，可汗伏允年纪老了，有个邪臣称为"天柱王"惑乱专权。唐太宗派去的使臣一再被扣留，再三宣谕还不放回来。于是忍无可忍之下在贞观九年唐太宗出动了李靖与侯君集的超强组合攻打吐谷浑。
命李靖为西海道行军大总管，侯君集为积石道行军总管，然后会同突厥以及铁勒部联合攻打吐谷浑。李靖和侯君集率唐军长驱直入，李靖大破其精锐"天柱三部落"，侯君集追击吐谷浑一直到且末。"且末"是吐谷浑国境最西边，塔里木盆地的东南边缘。这一战可以说异常艰苦因为吐谷浑虽然国土广阔，但是或苦寒或荒芜，不然就是数千里无人烟。盛夏降霜而多积雪，又乏水草是吐谷浑国的真实写照。遇到缺水时唐军战士刺马饮血，遇到无食时将士啖冰而马皆食雪。侯君集因破吐谷浑之功被封为陈州刺史，拜光禄大夫、吏部尚书、陈国公。
两年之后，西域高昌王麹文泰劫掠西域各国前往大唐朝贡的使者，不安于藩臣地位，唐太宗李世民屡下诏书晓以利害，麹文泰都不肯悔过，于是李世民决定诛灭高昌国。这一次又是以侯君集为将，以侯君集为交河道行军大总管，让铁勒部契苾何力为葱山道副大总管协助侯君集。高昌王麹文泰觉得长安距离高昌路途遥远，有七千多里，中间还有二千多里是沙漠，所以唐军难以速至，就算来了也是疲惫之师，并且没有补给，所以他认为不用惧怕唐军。但让麹文泰没想到的是，侯君集率唐军顺利穿越著名的大戈壁莫贺延碛，如神兵天降一样就到了高昌国。麹文泰这时身染沉疴，再加上惊惧忧虑，麹文泰死后高昌都城被攻下。
