1856年9月，正当太平天国与清军在各条战线相持不下之时，韦昌辉接到洪秀全"诛杨密诏"后，率3000兵马从江西前线星夜兼程赶回天京，半路顺便拉上早已对杨秀清不满的燕王秦日纲，直奔首都靖难。在内官首领佐天侯陈承瑢的配合下，韦昌辉等顺利进城，抢占各处要地，而后杀向东王府，手起刀落解决了杨秀清，拉开了"天京事变"之序幕。对于"天京事变"爆发之原因，现在可谓是众说纷纭，莫衷一是。较为流行的观点是，杨秀清嚣张跋扈，从来不将天王洪秀全放在眼里，在大庭广众之下居然敢威胁杖责天王，也就是打屁股，搞得天王一点面子都没有，在文武大臣面前抬不起头。此外，杨秀清还不满足，他还以"天父下凡"之名义让洪秀全亲自来东王府，封其为"万岁"，狼子野心暴露无遗。正因为如此，洪秀全才不得不诛杀杨秀清，以免被谋朝篡位。
熟悉历史的朋友都知道，冯云山在拜上帝教创建伊始，就给太平天国制定一套有别于明清君主专制之政体，即是搞"军师负责制"。冯云山认为，君主专制会出现一系列弊端，上面权力大，下面权力小，机构运转失灵。所以，他便从三国演义中寻找灵感，设立"军师"一职来掌管国家政务，天王是"虚位"元首，临朝不理政。此外，太平天国以宗教建国，洪秀全自称是上帝耶和华的二儿子，自然不应该出来理政，以保持一种神秘感。
杨秀清，烧炭出身，在冯云山被逮捕时，以"天父下凡"来稳定会众情绪，从而取得"代天父传言"之权力。洪秀全在武宣东乡称王时，组建"五军主将"制，封杨秀清为中军主将，兼"左辅正军师"。1851年12月，永安建制时，封杨秀清为东王九千岁，节制西王以下诸王，基本掌握军权。1852年9月，西王萧朝贵在长沙阵亡，杨秀清基本可以节制所有王爷。1853年3月，定都天京时，洪秀全闭门不出，杨秀清东殿成了中央政府。1856年6月，清军"江南大营"被攻破，杨秀清威望达到顶峰。
