崇祯帝对她是喜爱有加，不仅赏赐了很多的珠宝，还亲自召见了她，并且为她写了四首诗来赞扬她。当时明朝动荡不安，秦良玉是一位难得的人才，她对于四川地区的安宁起了非常大的作用。她的战功显赫，在南明时期被隆武帝封为忠贞侯，一直到老都在为百姓的安宁付之行动。
她死后，家族为了举办了非常隆重的葬礼，为她修建了四十八座陵墓，直到今天仍然有三座墓保存完整。她的主墓是根据朱元璋的陵墓修建的，被称为秦良玉东墓，主要是用于官方的祭祀活动，在石柱县外的回龙山也有一座她的墓，占地三百多亩，这个墓地可以说是祖墓了，除了她的墓室，还有她的儿子和她的家人。还有一座是他的儿子为他修建的，是西墓用于私人的祭祀活动。
但是这么多年来，她的真实的墓室一直没有被发现。
