首先李世民向李渊弹劾李建成、李元吉与继母尹德妃、张婕妤通奸偷情，淫乱后宫，李渊大怒，命令彻查。其次在武德九年六月初四（626年7月2日），李世民在长安城宫城玄武门发动兵变，李世民射死李建成，尉迟恭射死李元吉，同时李元吉五子皆被杀。玄武门之变后，李世民逼迫李渊退位，登基为帝。
再来说下李元吉之妻齐妃杨氏，此人隋官王杨雄的侄孙女，不仅出生于名门望族，杨氏更是长得妖艳异常，也因此为李元吉喜爱。李世民的登基后正是见齐妃长相颇美，便将其纳入后宫为妃，杨氏本意不从，但李世民以李元吉女儿们相逼，杨氏不得不从。入宫后，李世民对杨氏更是宠爱杨氏，长孙皇后去世之后，更有意立杨氏为后，幸得魏征劝阻才作罢。此后杨氏更是为李世民生下一名皇子--唐太宗第十四子曹王李明。
李元吉虽贵为王爷，但其一生可谓之悲惨。
