在南明时期，郑成功可以说是一个特殊存在，尽管先后向隆武皇帝和永历皇帝称臣，却是一股独立的军事力量。他屡屡让清军吃败仗，虽然最终败退到台湾，可一直是清政府的心腹大患。他之所以能和清军掰掰手腕，和他地处福建这偏远之地、清军的兵力在这个时期也确实鞭长莫及，还有清军不习水战有着很大关系。前面算是外因，而另一个重要的内因，那就是他基本没受到文武官员之争和党争的影响。
其实和很多南明武将不同的是，郑成功确实算是个忠于皇帝的人，他一直在礼节上尽着臣子的职责。不过他地处东南，永历朝廷则在西南，隔得特别远，在客观上，朝廷其实管不了他的，一切都是他自己说了算。郑成功这个人非常强硬，不愿受制于人，总是牢牢地把权力掌控在自己手里。
在1651年的时候，他就曾将作战不力的一位叔叔给斩首了，还强行迫使另外一位叔叔交出了兵权，通过一系列手段把军队变成了自己的私人组织。所以他麾下的组织机构，是彻底的军事性质的，一切以他一手带出来的部队为基础，军人的地位是别人比不了的。 很多时候，部队里那些本来该由文官担任的职务，都由军人来出任，比如说监军，是郑成功自己派去的，本来就是军人，不是由御史台这个文官机构派遣，不听命于文官系统，和部队里的所有人一样，统一听郑成功的号令，不大可能产生矛盾。
