但是，即使有这些方法来保证航行，但在海上所遇到的自然危险，却是难以预料的。朱棣为仪凤门外天妃宫亲撰的碑文上，描述了郑和船队一次遭遇飓风，险象环生的场面：
“其初始者涉海洋，经浩渺，飓风黑雨，晦暝暗惨，雷电交作，洪涛巨浪，摧山倒岳，龙鱼变怪，诡形异状，纷杂出没，惊心骇目，莫不错愕”。
从碑文中可以看出，当时郑和团队遇到的风浪十分危险，疾风骤雨，电闪雷鸣，大浪滔天。慌乱之中，他们看到乌云里此起彼伏的闪电，以为是天妃娘娘，便跪下来叩拜，祈求能安全通过。
如果一般的船只，恐怕难以在这样的风暴中劫后余生。郑和的宝船很大，长44丈，宽18丈，换算成现在的长度是126.72米，宽51.84米。这和现代的中型航母差不多大，相当于一个足球场，所以最终保护他们安全的，并不是天妃娘娘，而是这样庞大的船体。
郑和宝船相当于现在都中型航母
据史料记载，郑和船队加上经历战斗，返航的折损率平均值在30%。郑和的船队凭借当时先进的航海技术，28年间七次下西洋，最远到达东非的索马里，和西亚的忽鲁谟斯。其中忽鲁谟斯在波斯湾的出口处，这样就使得海上丝绸之路，与陆上丝绸之路贯通。
在这期间，郑和船队没有跟任何国家发生冲突，也没有通过武力使任何国家臣服，只有一次迫于被围攻，动用了武力。这次就是在位于印度半岛南部的斯里兰卡，也就是古代的锡兰。当时，锡兰的国王叫亚烈苦奈儿，生性残暴。
而当时的锡兰山是个佛教圣地，但是他不信佛。同时，他经常欺负和侵略周边比较弱小的国家。就这么个地方霸主的角色，让他像明朝称臣纳贡，他当然不愿意。
在永乐八年，郑和第三次下西洋时，亚烈苦奈儿派人邀请郑和船队，顺道访问锡兰。郑和以为亚列苦奈儿迷途知返，十分高兴愉快地接受了邀请，率领团队抵达锡兰国。然而，当郑和到了王宫后，亚烈苦奈儿却避而不见，只让儿子出面向郑和索要大量财物。
