万历皇帝得悉后，龙颜大怒。为了能尽早控制杨应龙造反的势头，他急命在官军抵达之前，由贵州巡抚江东之率驻军3千人先行抗击。
杨应龙兵强马壮，江东之率领的这点人马，还不够他塞牙缝的。所以，刚一遇上，江东之就遭到毁灭性的打击，将士无一生还。
杨应龙数战数捷，气焰更加嚣张，颇不把官军放在眼里。他一边征召苗民，壮大势力；一边又数次向朝廷表现他是万不得已，希望能得到朝廷赦免，借以迷惑朝廷。
1599年，杨应龙击杀明将，夺取綦江，眼看就要逼近重庆。
万历皇帝情急之下，集结湖广、甘肃、浙江、贵州、四川等地的军队，又从辽东抽调回大部分军队，以30万大军围剿杨应龙。
