程璧光被刺以后，幕后主使直指广西军阀陆荣廷和莫荣新。江湖传闻有鼻子有眼，指使刺杀程璧光的命令是陆荣廷下的，雇凶杀人是陆荣廷的亲信莫荣新干的。陆、莫两人自然不肯认账，不但通电予以否认，还假惺惺的给程璧光的家属汇了一笔丰厚的丧葬费。
为什么陆荣廷、莫荣新会成为刺杀程璧光的头号嫌疑人呢？这得从程璧光率海军投靠广东革命政府说起。1917年北洋政府发生了名噪一时的院府之争（总统黎元洪和总理段祺瑞的争斗），接着辫帅张勋以调停为名率军进入北京，复辟了满清王朝。当时北洋政府的陆军掌握在段祺瑞手里，而海军总长程璧光则同情总统黎元洪，派军舰解救黎元洪未果，索性率领海军主力南下，投靠了广东革命政府。程璧光到了广州后，发现孙中山只是个空壳子，军政大权都掌握在西南军阀手里，包括他的海军军费，都得由广西军阀陆荣廷供应。程璧光投鼠忌器，既不敢和革命党人走得太近，也不敢得罪西南军阀，其海军力量独立于广东革命政府和西南军阀，自成一体。说白了，海军只听程璧光的命令，孙中山指挥不了。比如1918年1月孙中山命令豫章、同安二舰舰长炮击观音山督军署，驱逐广东督军陈炳琨，代理广东督军莫荣新打电话给程璧光，让他的海军保持中立。程璧光立即命令海军停止攻击，并撤了豫章、同安两舰舰长职务，孙中山闻讯大怒，却也无可奈何。
1917年9月，广西军阀陆荣廷以武力威胁广东省长朱庆澜辞职，想用自己的亲信取而代之。朱庆澜斗不过陆荣廷，将广东省政府直辖的20营亲兵送给革命党人陈炯明统领。陆荣廷不答应，命广东督军陈炳琨武力接收了这支部队，令广东革命政府与西南军阀的矛盾瞬间扩大，战火一触即发。北洋政府执政段祺瑞见有机可乘，派傅良佐到湖南当督军，将北洋势力往西南渗透。陆荣廷见段祺瑞有武力进犯之意，联络程璧光当和事佬，将这20营武装还给了革命党，算是了结这段恩怨。但是陆荣廷耍了个心眼，这20营武装改称海军陆战队，虽然实际指挥官是革命党人陈炯明，隶属关系上却属于海军总长程璧光统辖，等于是在革命党与自己之间设置了一个障碍。程璧光夹在革命党人与西南军阀中间左右为难，也最终给自己带来了杀身之祸。
上面提到1918年初，孙中山和陆荣廷产生矛盾，以至于兵戎相见。程璧光的海军表面上保持中立，实际上将两派都得罪了。革命党人怪程璧光没有革命政治理念，耍滑头，陆荣廷担心海军一旦帮革命党人对付自己，战争胜利的天平就将转向革命党人。两派都视程璧光为眼中钉肉中刺，这种情况下，程璧光被刺杀也就不足为奇了。
