此时，明眼人都能够看出，所谓"承认错误"，就是典型的大事化小，小事化了的做法。崇祯帝如果真的想严加惩处陈新甲，直接痛下杀手就可以了，根本没必要这么费事。可是，陈新甲却完全没有理解皇帝的意思。
在他看来，自己真是蒙受了不白之冤，不明真相的大臣们骂自己也就算了，怎么连皇帝也不明白自己的良苦用心呢？
于是，他不停地上书申辩，强调自己在议和一事上立下了大功。崇祯帝见陈新甲不肯认罪，不禁火冒三丈。这样进行下去，那"投降"的罪名，不是要落在自己身上了吗？
为了维护自己的圣君形象，崇祯帝更加严厉地批评陈新甲，想让陈新甲醒悟。可是，愣头青陈新甲还是坚持自辩清白，说什么也不为皇帝背锅。他越是辩解，崇祯帝就越是生气。最后，崇祯帝索性直接将陈新甲打入了死牢。
