然而时过境迁，明朝的军事制度却跟不上了时代发展的潮流而自行走向没落，明朝统治者也未能进行彻底的军制改革，明军的衰败自然在所难免。
明朝早中期的明军兵员主要来源于军户制这样一个世袭的兵役制度。一户人家一旦被编为军户，祖祖辈辈就是职业军人而不能从事其他职业。明廷分配军户一定的土地，军户也无须缴纳税收以及劳役。
这在元末明初民不聊生、土旷人稀，耕少荒多的时期，为明军的建设起到了极大的作用。然而随着明朝阶级的逐渐固化，土地兼并日益严重，军户所长土地越来越少以致入不敷出。
伴随着土地被兼并的同时是军户地位的下降，军人逐渐成为一种低贱的职业，越来越少的人愿意成为军户。而随着许多军户的破产导致大量兵员的流失，许多卫所缺额极为严重。
卫所军户制度的逐渐衰败，而当局者又无较好的举措进行改革，兵员素质也随之退步严重。最终在明末内忧外患之下，明军战斗力的低下致使饱受亡国之辱。
