然而好景不长，朱允炆的削藩政策使燕王朱棣举兵造反，没过多长时间便打到了南京城，在南京城俘获了自己的嫂子吕氏，他对待这个吕氏非常尊敬，向她解释自己的起兵是不得已而为之。
之后吕氏回城之后发现皇宫内燃起大火，南京的宫殿已经烧毁，朱允炆在大火中消失，之后朱棣取消了朱标的封号，改称自己为懿文皇太子。之后朱允炆的生母吕太后变成了太子妃，从此被朱棣幽禁。
朱允炆失踪了，但是他的三个兄弟还在活着。吴王朱允熥被朱棣封为广泽王，朱允熞被降为怀恩王，俩人王位做了没有多久被朱棣贬为庶人，发配到了凤阳监押，没过几年两人离世。徐王朱允熙敷惠王，在朱棣入住4年后，朱允熙在一场神秘的大火中烧死。吕太后在同一场大火中从此下落不明。
其实这种结局的幕后黑手，无疑就是朱棣干的，为了自己的权力，手段十分的残忍令人发指。
