根据俄罗斯国防部此前公布的信息，S-500配备的新型拦截弹既有来自S-400的40N6型拦截弹的后续改进型－-40N6M型拦截弹，也有77N6-N和77N6-N1两型全新拦截弹。前者用于打击敌方诸如战略轰炸机、战略侦察机等实施超远程作战任务的大型航空目标；后者则具备"超远程""超高空"反导拦截能力，能够击落位于低轨道飞行的侦察卫星，不仅可以通过定向破片杀伤方式来提升拦截效率，也可采用动能碰撞方式拦截目标。
S-500系统既具备较强的战略威慑力，同时又能够进行实战应用，在当今各国反导系统中并不多见，这得益于该系统在研发过程中为反导技术创新所做出的努力。据已公布信息，S-500系统的指挥控制系统将雷达、指控和通信技术综合集成一体，解决了作战单元过分依赖单兵信息源的问题，这也表明俄军深刻认识到信息资源在空天防御斗争中起决定性作用，并已经实现S-500系统各作战单元之间信息的交互运用，大幅提升了S-500系统在面对空天打击时的整体对抗能力。在S-500系统配置的5型雷达中，两型火控雷达中一型专用于反导作战，另一型用于应对复杂情况下的对战。这几部雷达通过组网、数据链等技术，进行合理规划部署，充分发挥了各型雷达的作战用途，具备较强的抗干扰能力，使敌空中作战单元无处遁形。
这意味着S-500可通过增强信息化能力，与S-300、S-400防空导弹系统融合集成，组成统一网络，共享战场动态数据；后者还可以在S-500防空导弹系统的"指挥"下机动，及时发现并获取空天目标信息，加以比对分析，迅速制定抗击策略，科学分配拦截目标，以达到最大限度地提高作战效能的目的。
此外，S-500还将能够发射PRS-1M导弹，这是俄罗斯为A-135导弹防御系统研制的新型超音速拦截器，旨在取代传统的拦截导弹。新型拦截器的最高时速达到每秒4公里，即14马赫。该系统的响应时间约为3到4秒，相比于S-400的响应时间9到10秒要短得多。最大射程可达600千米，可发现并同时拦截以7000米/秒速度飞行的数十个弹道目标，并能够以高超音速打击敌作战单元，S-500的作战效能远超美国"爱国者－3"防空导弹，可针对美国的"全球快速打击系统"做出及时有效的响应。
