1855年秋，各路捻军在安徽亳州雉河集（今安徽涡阳）会盟，捻军推张乐行为盟主，并且建立了五旗军，人数巅峰达到20余万人。1856年，捻军与太平天国合作，接受天王洪秀全封号，但实际上是"听封不听调"。但是不久之后，捻军内部因意见不合，走向分裂，张乐行南下配合太平天国，而大部分捻军返回淮北。1863年3月，清朝的僧格林沁亲王攻下亳州雉河集，张乐行被叛徒俘送至清营遇害。
当时分裂后，北上的捻军曾深入河南、山东，推动了当地人民以各种形式起义反清，给予了清军沉重的打击。1864年6月1号，太平天国失败后，捻军和太平天国余部合并为联军。1865年5月18日，捻军在山东曹州埋伏，全歼穷追不舍的僧格林沁所部。清朝震怒，倾全力对付捻军，清军利用地形，"画河圈地"，后分为东、西二捻，西捻被左宗棠所平定，东捻被李鸿章所灭。
1868年，历时18年，波及皖、鲁、豫、苏、陕等10个省区，歼灭清军及地方团练十万余人的捻军起义以失败告终。捻军起义说白了还是一个老式的农民起义，由于局限性，没有形成集中统一的领导和指挥，军事上实行流寇主义，忽视建立巩固的根据地，后期又分兵作战，作战指导盲动，导致被清军逐个击破，最终落得了一个全军覆没的下场。
