燕王朱棣在进入南京城后，朝廷主帅李景隆和谷王朱橞，打开金川门归降燕王朱棣，燕王朱棣和军队由此成功进入皇宫之中，在燕王朱棣进入皇宫之后，发生了一场混战，在混战之后，皇宫内院的有一处地方，着起了大火。
燕王朱棣立即命人灭火，最终成功将大火扑灭，在大火扑灭后，燕王朱棣发现有三具烧焦的尸体残骸，因为烧的太焦，已经不能辨认出是谁？根据当时的太监所说，有一具烧焦的尸体是建文帝朱允炆，剩下的两具是建文帝朱允炆和长子朱文奎。
不过，史书上一直没有充分的证据能够证明，其中一具烧焦的尸体就是建文帝朱允炆。建文帝朱允炆在大火之后的下落，也就成为了历史的一件悬案。有的说建文帝朱允炆在大火之前，已经乔装打扮，逃出皇宫去往南洋了，还有说建文帝朱允炆去寺庙当和尚了，总之建文帝朱允炆的下落一直不明。
建文帝朱允炆也正是因为下落不明，使得他之后没有被葬在北京。
