中国历史上最后一个正统封建王朝清朝，在史学界的争议非常大，。在部分读者看来，清朝甚至是不可取的，明朝是汉人统治的最后一个封建王朝，正因为清朝是由满族统治。其实从历史影响来看，清朝末年割地赔款，任人摆布，使得中国落后于世界发展潮流，这一点上确实不尽人意，但仔细想来，清朝是封建社会发展的巅峰时期，只不过清朝正好遇到了这一时代，就算是唐朝、明朝是封建社会的结尾，也会有差不多的结局，想让一个封建王朝突然接受一个先进思想，甚至改革建立君主立宪制度或其他资本主义制度，在今人看来很简单，但对于一个刚刚经历巅峰的王朝来说，又谈何容易！有一点值得肯定的是，清王朝对于近代疆域的控制做得非常好，能够做到寸土不让，只不过末年力不从心。左宗棠收复新疆用的什么武器？连沙俄都畏惧三分。
清朝对于新疆、西藏、蒙古和东北等地区的控制是其他王朝难以企及的。
1864年，由于太平天国运动（1851年）和陕甘地区回民暴动的影响，新疆地区也引发了动乱，在天山南北地区发动起义，当时形成了五个割据政权，并且各政权之间经常发动战争，其中一支喀什噶尔曾向中亚国家浩罕汗国求助，浩罕汗国趁此机会入侵我国南疆地区，派出将领阿古柏肆意妄为。
1865年，阿古柏强占喀什噶尔新城，又攻占英吉沙尔，并吞并以和田为中心的政权，两年后又占领到达喀喇沙尔（今焉耆）和库尔勒一带，建立哲德沙尔汗国，阿古柏的野心越来越大，又于1870年入侵北疆地区，侵占乌鲁木齐和吐鲁番等地区，阿古柏侵占新疆期间，对内进行残酷的经济掠夺、恐怖的特务统治。
