谈到元朝是怎么灭亡的，可能很多人会误认为是朱元璋灭了元朝，但严格来说并不是，朱元璋只是结束了元朝在中国的统治，朱元璋在击败陈友谅、张士诚、方国珍等其它南方起义军和南方大元势力后，于至正二十七年（1367）开始北伐，在大将徐达、常遇春等的协助下，于至正二十八年（1368）八月攻陷元大都，元惠宗北逃，蒙古在内地的统治结束。图干铁木尔北遁，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为"顺帝"。
明洪武元年（1368，元至正二十八年）八月，徐达率军攻陷元大都（今北京），元惠宗北逃至上都，此时的元朝称为北元，元惠帝后又逃到应昌，并多次组织反抗，失败后在应昌去世。在明军的继续追击下，元廷逃离中原，最终来到漠北，与明军对峙。 明太祖第六次北征的结果影响巨大，乌萨哈汗脱古思帖木儿逃走后被其部将也速迭尔（阿里不哥后裔）缢杀。从此以后，自忽必烈传下来的成吉思汗的嫡系黄金家族对元政权的控制开始崩溃，大多数蒙古部落宣布自立。 洪武三十一年（1399），分布在叶尼塞河上游沿岸的吉尔吉斯部首领鬼力赤，否认脱古思帖木儿之子额勒伯克的宗主权，将其打败并杀死，取得了统治各部的霸权。额勒伯克之子坤帖木儿继位后也于建文四年（1402）被鬼力赤杀死，改称鞑靼，朱元璋认为他顺天明命，给他上谥号为"顺帝"，去国号，元朝正式灭亡。
