明孝陵历经多次战火洗礼，尤其是在清代中期的太平天国战争中，明孝陵很多地表建筑都被同为汉族的太平军毁坏殆尽，只有部分石雕和砖石建筑得以幸存。后来的两江总督曾国藩也曾奉旨祭拜明孝陵，但因经费需要20万两，实在拨不出前，就用了七八百两纹银对明孝陵简单修缮。
早在朱元璋出殡当日，当时的应天府，也就是南京地区有一个史无前例的事情发生，那就是十三个城门，十三队皇家车马同时发动，谁也不知道朱元璋是在哪一个马车里面。即使是如今的孝陵里，也没有人敢保证他的遗体就在里面。有传言说，这其实是他下的密旨，担心之前杀戮太多，死后会被仇人盗墓，所以早早做好了准备。
历史上很多帝王的地宫墓道大都修筑的非常笔直。明孝陵在设计之初就没有采用常见的墓道样式，而是故意将墓道弄的弯弯曲曲，很难弄清楚真正的墓道方向。即使有盗墓贼侥幸进入地宫，这种反常规的设计也会让其无功而返。其次，明孝陵高高的封土堆下面还铺有一层厚厚的鹅卵石，当盗墓贼打开盗洞时，圆润的鹅卵石就会从宝顶倾泻而下，将盗墓贼与洞穴一同掩埋。
虽说这些防护都不能抵挡现代炸药，但由于明孝陵离南京城近在咫尺，民国时期的孙殿英等人因害怕引起南京市民警觉，故不敢对其下手。一切因缘巧合最终造就了如今的明孝陵，不得不令人感慨万分。
