左宗棠和曾国藩两人正式开始结怨的时候，不是在平定江南时，而是在攻破江宁之后，当时曾国藩听到手下将士说洪秀全的儿子已经死在了乱军中，江南的战事可以结束了，但是没过多久，在湖州又传来消息，说洪福瑱带着残余部队流窜到此，这件事被左宗棠直接上报给了朝廷，这下可让曾国藩非常非常恼火，认为这是左宗棠在耍手段想借机除掉自己，就直接大骂左宗棠忘恩负义，现在想要独揽功劳，身为闽浙总督的左宗棠哪能受得了这窝囊气，又专门写了一篇文章，指责曾国藩欺君罔上，这一吵架可好，直接吵到皇帝那去了，最后实在没办法，这都是朝廷的左右重臣，说谁错都不是，只能两面调解下来了。
这件事也让原本还算合得来的两位重臣起了间隙，然而这时候一些小人也露相了，不仅不给两人调和，反而多次挑拨两人的关系，让他们两的矛盾越积越厚，虽然最终洪福瑱被抓获杀头了，太平天国的事情告一段落，但这二人的恩怨却还没完。
不过曾国藩这个人还是明事理顾大局的，虽然二人产生矛盾，但到了国家大事上，还是非常推举左宗棠，当时有人和曾国藩谈起左宗棠治军的政策，曾国藩当时就大声赞叹，认为左宗棠在治理军队上，天下第一，能说出这番话，也说明曾国藩有过人的雅量，并不是故意要摆出高姿态瞧不上左宗棠。
