甲午战争爆发后，北洋水师全力抗战与日军在多个水域浴血奋战，但慈禧太后仍然沉浸在准备大寿的庆典这些事情里面，不予拨款支持，事实国家财政已经入不敷出。甲午战争惨败，北洋水师最终全军覆没。
晚年悲怆，尸骨无存
战争攻入北京，慈禧逃到西安避难，却委任李鸿章为"全权大臣"奉命北上，国家衰败让他心力交瘁却仍要在各国之间周旋，不久李鸿章就病倒了。此时慈禧逼迫李鸿章尽快完成丧权辱国的条约，这便是李鸿章代表清政府签订的最后一份条约--《辛丑条约》。
在签字的最后关头他老泪纵横，他向在场的外国使节表示，即使谈判失败，中国也不会败给日本，中国迁都到陕西也一样长期作战，无尽期作战，日本是无法征服中国的！有位外国外交家曾经是这样评价李鸿章的"我从来没有见过如此维护国家利益的人，然而他手中的筹码实在是太少了。"
1901年，李鸿章在《辛丑条约》上签字后大口吐血，后被诊断为胃部大出血，不久就在北京病逝了。传说李鸿章去世前曾经留下一首《临终诗》："劳劳车马未离鞍，临事方知一死难。三百年来伤国步，八千里外吊民残。秋风宝剑孤臣泪，落日旌旗大将坛；海外尘氛犹未息，诸君莫作等闲看。"
