土木堡之败对北京的朝廷而言，不啻于晴天霹雳。皇帝被俘这种事，往前追溯，人们首先想到的就是徽钦二帝，紧接着便要王朝倾覆，天下腥膻。京师坐镇的大臣们顿感末日降临，他们已经顾不得正统皇帝在蒙古人那里会受到怎样的折辱，当务之急是怎么才能避免亡国之祸。随着志得意满的也先撇开黄金家族自立为大汗，草原各部对他的不满也日渐激化。最终，这位统一草原的"天圣大可汗"在土木堡之变六年后被杀身亡，强盛一时的瓦剌迅速衰落。
土木堡之变后，也先一方被迫送英宗回京，大兵逼近北京城，势不可挡，明朝廷惶惶不安，有大臣提出南迁都城。明英宗继位之前，明朝先后经历了永乐盛世和仁宣之治，前后长达三十多年的盛世为明英宗打下了良好的物质基础，这也是明朝能够顺利挺过这场浩劫而不被灭国的根本原因。
土木堡之变，给当时的明朝带来的最大危机，不是精锐尽丧，而是皇帝被抓。但这个事情的实际影响是在有限，加上于谦等大臣懂得变通，将朱祁镇从皇帝变成了太上皇，这样一来，明朝实际上已经渐渐安稳下来。
