武田耕云斋原是水户藩士迹部正续之子，从小被送到迹部家的宗家，被石高300石的迹部正房收为养嗣子。文化十四年（1817年），武田耕云斋继承了迹部家督之位。但他不喜迹部的姓氏，声称迹部与武田家有着血缘关系，所以自己本姓为武田，是甲斐武田信玄的后裔。后经水户藩藩主德川齐昭同意，他弃用迹部的旧姓，改姓武田，自名武田耕云斋。当时，他与户田忠太夫、藤田东湖被合称为"水户三田"。
水户藩虽是德川幕府的"御三家"之一，但却有着特殊的地位。水户藩地位与幕府平齐，藩主甚至被称为"副将军"。因为地位平齐，所以水户藩的主君不是幕府，而是天皇。因此，"尊王攘夷"的学说"水户学"便是发源于水户藩之中，而武田耕云斋的好友藤田东湖正是知名水户学学者之一。
文政十二年（1829年），水户藩第8代藩主川齐脩去世，却没有留下子嗣。水户藩内的重臣主张迎接第11代将军德川家齐的儿子继任水户藩藩主，但水户藩内的反对派大为不满。武田耕云斋与藤田东湖力主由德川齐昭接任藩主，并在暗中进行了大量的说服活动。同年11月，德川齐昭继任为第9代藩主，武田耕云斋等立下拥立大功，深得德川齐昭的信任与重用。水户藩藩主德川齐昭重用武田耕云斋等水户三田，厉行改革，励精图治，大大改变了水户藩的面貌。但是，水户藩的改革活动产生了巨大影响，也引起了江户幕府的猜忌。弘化元年（1844年），江户幕府命藩主德川齐昭传位嫡子德川庆笃，自己在宅蛰居，不得外出。武田耕云斋上书指责江户幕府处理不当，受到株连，也被判蛰居。嘉永二年（1849年），德川齐昭被赦免，被幕府默许可以干涉水户藩政，武田耕云斋也再次回到藩政的中心。
嘉永六年（1853年），美国海军准将马休?佩里率舰队驶入江户湾浦贺海面。日本举国震动，面对坚船利炮、来势汹汹的"夷狄"，江户幕府应该如何应对？幕府内部存在着"攘夷"和"开国"两种意见，两派争论不休，意见久久不能统一。除了外患，此时日本国内还有内忧：将军德川家定身体孱弱，又无子嗣，一旦将军归西，江户幕府就面临着后继无人的困境。围绕着"将军继嗣问题"，幕府和有力大名们的意见也不能统一。被称为"贤侯"的萨摩藩藩主岛津齐彬，福井藩藩主松平庆永等支持水户藩的一桥庆喜为继任者，而将军德川家定、大奥认为纪州藩的德川庆福血缘与家定最为接近，应由庆福接任将军。彦根藩藩主井伊直弼初任大老，开始大刀阔斧地推行自己的主张，他不但不顾天皇反对，一意孤行地与美国签订了《日美通商合约》，还驳回了支持一桥庆喜的大名们的意见书，将纪州藩的庆福推上了继承人之位。井伊直弼的独断专行引起了大名们的激烈反抗，他对反对派进行了残酷无情的镇压，是为"安政大狱"。其中，既处于"将军继嗣问题"风暴的中心，又一直高举"尊王攘夷"旗帜的水户藩所受到的打击最为沉重，水户藩家老安岛带刀以下20余名家臣被逮捕，德川家齐昭被判永久蛰居，庆笃、庆喜同样被迫隐居。
