此后，在灵帝感受到了董卓带来的威胁，命令他做并州牧。一般来说，州牧不会再掌管军队，但董卓接受了任命，却依然不肯交出军队，仍然以''自己和士兵感情深厚''为理由抗拒朝廷。带兵前往并州的路途中，他还停在河东郡很长时间，观望各地局势，伺机而动。
当然，此时的董卓可能想的还是在乱世即将到来的情况下保住自己，最好能得到更多的利益。但是仅仅在一年后，雒阳发生事变，何进被宦官所杀，朝廷大乱。此时董卓带兵前往北阳山，救下了当时的皇帝刘辩和陈留王刘协，从此开始了他万人之上的生涯。
当时，他考虑到刘协比刘辩更加聪慧冷静，加之自己和抚养刘协的董太后是同姓，就希望刘协能登上皇位。从此，董卓开始密谋废立。
他先是掌握了大将军何进（已故）和车骑将军何苗的部曲，然后引诱吕布杀死当时的执金吾丁原，吞并了并州的军队，从此掌握了雒阳的所有军权。这个时候，雒阳（今洛阳）和身在雒阳的皇帝都成了董卓的掌中之物。
