到了清朝初期的时候，它也成为反抗清政府的最大的组织，虽然清政府反复清剿，但是白莲教的起义始终没有被扑灭，还是发展为了当时最大的起义，最高时参加的人数也是达到了几十万。当时的嘉庆皇帝派了大量的清军前去进行镇压，为了消灭这批叛军，清政府损失惨重，而且花费的白银也达到了两亿两。
白莲教起义有一个分支叫白阳教，他们在山东和河南等地有着大量的信徒。他们曾经发动自己的教徒在山东等地发动起义，谋划在等嘉庆皇帝出游的时候将满族赶回东北。
不过谋划因为泄密而被清政府发现了。一部分下属决定提前起义，掌教不知道这件事，仍按照原定计划发动了起义。
这批起义军在内应的太监帮助之下，进入了皇宫。在进入皇宫之后，他们与侍卫战在一起，一直冲到了皇帝的寝宫养心殿附近。
