石达开出走天京时，他有两个选择：反叛和降清。如果反叛，就跟韦昌辉一样，成为残害同类、背叛天国的罪人，这和他讲究忠义的性格不符。降清，其实对于石达开来说是一个不错的选择，此时清廷听闻天京事变，咸丰皇帝还特意下诏，让曾国藩相机游说。如果石达开真的降清，封个地方巡抚不在话下，但是这两个选择都被石达开否决了。既不能反叛，又不能降清，但是又要保住性命，那怎么办呢？
石达开选择远离天京，远离洪秀全，但是又和天京保持联系，营造出一种若即若离的状态。石达开也明白，洪秀全也不希望他留在天京，卧榻之侧岂容他人鼾睡。洪秀全表面上继续维持石达开的封号不变，实际上提拔陈玉成、李秀成、李世贤等青年将领，甚至是原东王旧部的杨辅清，也被封为中军主将。洪秀全这么做的目的就是为了剥夺石达开指挥全军的权力，加强中央集权。
到了1860年左右，石达开已经被完全边缘化了，那些在石达开出走天京时追随他的部队，也陆陆续续回归天京大本营。当年这些人追随石达开，不少人是投机想跟石达开打天下的，但是石达开自始自终都尊奉洪秀全为正朔，时间久了大家也就不愿继续追随石达开。再加上洪秀全又一直用高官厚禄相诱，石达开又不“来者不强，去者不留”，走掉的人越来越多。1861年，石达开远征军从广西挥军北上，部队基本抛弃洪秀全“天父天兄”那一套思想，成为一支不受太平天国控制的游击部队。
1863年6月13日，石达开大军被清军围困在四川大渡河，部队只剩下5000人左右。石达开走投无路，为了保全部下性命，决心舍命以全三军，投降清军，队中的3000士兵被清军收编，剩下的2000士兵被允许保留武器。石达开被押解成都后，清军背信弃义，偷袭剩下的2000士兵，除了300老弱病残，其余大部分被杀掉。6月27日，石达开在成都公堂受审，慷慨陈词，令主审理屈词穷，无言以对，而后从容就义，临刑之际，神色怡然，身受凌迟酷刑，被割几千刀，他从始至终默然无声。
石达开究竟死了没有？当时清廷和太平天国都有不少人怀疑，以至于时任四川总督的骆秉章不得不再三向朝廷表明，自己的确杀了石达开，这事也不能怪清廷，因为早在1852年就有地方官员谎报已经击毙石达开。但是曾国藩始终怀疑，以至于再三追问被俘的李秀成，石达开是否已死，可见曾国藩对石达开忌惮到何种地步，当年的江西湖口之战给曾国藩留下多大的心理阴影。
