1862年（同治元年），当时在陕西的回民趁太平天国和捻军进入陕西的机会发动叛乱。同时在宁夏也爆发了大面积的回民暴动。由于捻军、回军以及当地汉族起义军的活动，陕甘局势几近糜烂，总督杨岳斌不能有效控制局势。朝廷于1866年9月谕令左宗棠前赴陕甘平叛。1871年（同治十年），肃清后方后，左宗棠进攻甘肃河州，当地回民军领袖马占鳌顽强抵抗后在左军的强大压力下，马占鳌于1872年（同治十一年）投降，所部被左宗棠编入清军。回民军的主力至此已经被消灭。期间因为左宗棠杀已经投降的叛军首领及其部属七千余人，被当地人成为屠夫。因此有"左屠夫"之称。虽镇压手段残暴，但为维护国家的领土不分裂做出卓绝贡献。
收复新疆
1876年到1878年之间，左宗棠率领西部边防的军队，与侵占新疆的阿古柏侵略军进行激烈的对抗。期间不断根据双方形式做出调整进攻方向，抱着必死之心甚至带领将士抬棺材出征同侵略军进行斗争，最终将侵略军赶出新疆，遂恢复边境。因此左宗棠对维护祖国领土的贡献是巨大的。因此才有了梁启超先生对他的"五百年以来的第一伟人"的评价。
洋务运动
鸦片战争后，左宗棠看到清朝廷在西方国家的坚船利炮的打击下毫无还手之力，连同李鸿章，张之洞，曾国藩上书朝廷，立主向西方学习，自改图强，也就是所谓的'师夷长技以制夷'，兴办新式工厂，学堂，发奋图强，为国家现代做出积极贡献。
