到了元朝的时候，忽必烈在大漠以北的蒙古高原和贝加尔湖地区设立"岭北等处行中书省"，省治在和林，岭北等处行中书省的辖地包括贝加尔湖以东地区，达黑龙江上游、大兴安岭市北的黑龙江巡北地区，东与辽阳等处行中书省的省界邻接。元朝政府在贝加尔湖东地区还有官牧场的设置，属中央政府的太仆寺领导。
应该说，整个元朝时期，贝加尔湖都是中国的领土，但是到了元朝末年的时候，就发生了变化。
朱元璋带领起义队伍推翻元朝的统治后，元顺帝妥灌帖睦尔北逃，继续称元，管辖着贝加尔湖以东直抵滨海地区。在明朝期间，朱棣曾经多次远击蒙古，但是始终没有夺回来贝加尔湖。
明初，曾经在东北设立过奴儿干都司，不过整个机构管理的区域，也不包含贝加尔湖。明朝时期，统治阶级有个想法，认为奴儿干都司管理的区域是蛮荒之地，管理起来费很大力气，还没有啥收获，后来这个机构也就荒废了。所以说，从明朝开始，贝加尔湖就离开了中国。那个时候的贝加尔湖，主要是残元卫拉特部落和鞑靼人的地盘，沙俄崛起后慢慢取而代之，成为沙俄的实际控制区域。
